不能，重庆申请商贷转公积金贷款的条件之一是：单位在职缴存人个人住房公积金账户开户满6个月且处于正常状态、申请公积金贷款前6个月（含）及以上按时足额连续缴存住房公积金。所以必须是单位缴存的公积金才可以，灵活就业人员是自己购买的公积金产品，因此是不能的。
重庆商贷转公积金贷款的其他条件
1、具有完全民事行为能力，有稳定的经济收入，具备按期偿还公积金贷款本息的能力和意愿；
2、征信情况良好，符合市住房公积金中心征信要求。如借款申请人及配偶任一方贷款或贷记卡近两年内存在连续逾期3期（含）以上或累计逾期6期（含）以上，到期一次性还本付息的贷款拖欠本金或利息90天（含）以上，贷款或贷记卡当前状态为逾期、止付、冻结、呆账等，在住房公积金提取、贷款、贷后还款过程中存在失信行为，以及其他途径证实存在严重失信行为的，不予通过贷款审批；
3、有在本市城镇购买首套一手自有住房或者二手住房的真实交易行为，已办理手续完备的首套商业性个人住房贷款，处于正常还款中；
4、所购房屋已办理《不动产权证书》（《房地产权证》或《房屋所有权证》、《国有土地使用证》）；
5、有合法有效的《重庆市商品房买卖合同》、商业性个人住房贷款《借款合同》、抵押登记手续；
6、若是购买二手房，已经为该套房屋办理房屋价值评估手续；
7、同意用所购住房作为贷款抵押担保；
8、借款申请人夫妻双方无未结清的公积金贷款余额；
9、市住房公积金中心规定的其他条件。
