小规模纳税人核算增值税，一般通过“应交税金—应交增值税”会计科目。小规模纳税人计提增值税会计分录：小规模计提增值税，做以下分录：借：应交税费——应交增值税、贷：应交税费——未交增值税。计提附加税的会计分录：借：税金及附加、贷：应交税费——应交城建税、应交税费——应交教育费附加、应交税费——应交地方教育附加。
小规模纳税人是指年销售额没有达到规定，会计核算不健全，而且也不能按规定报送相关税务资料的增值税纳税人。小规模纳税人税率低，适用3%的税率，纳税额较小。小规模纳税人可以随时申请变更为一般纳税人，税率也会发生相应的变化。
一般情况下，小规模纳税人只能开具普通发票，而不得开具增值税专用发票。但如果小规模纳税人向一般纳税人销售货物或应税劳务，购货方向销货方索要增值税专用发票时，可以向税务局申请代开税专用发票。
注意，小规模纳税人增值税不能抵扣。纳税人分为一般纳税人和小规模纳税人，一般纳税人采取一般计税方法，增值税销项税额抵扣凭取得的进项税额抵扣凭证；小规模纳税人采取简易计税方法，不能抵扣进项税额。
