1、育种不同：杂交水稻需要通过父母本进行杂交育种而成，自身不会留种，而普通水稻不需要父母本，只需要通过自身繁殖而成，自身会留种。2、性质不同：杂交水稻是选用两个在遗传上有一定差异，同时它们的优良性状又能互补的水稻品种进行杂交，生产具有杂种优势的第一代杂交种，而普通水稻属谷类作物。3、产量不同：杂交水稻平均亩产每公顷7.5吨，而普通水稻亩产在500公斤左右。
一般杂交水稻仅指由两个遗传背景相同的不育系和恢复系杂交后形成的第一代杂交种。大面积推广的杂交水稻主要是利用水稻雄性不育系作为遗传工具。
中国是世界上第一个成功研发和推广杂交水稻的国家。杂交水稻具有个体高度杂合性，杂种后代出现性状分离，故需年年制种。和杂交水稻相对应的是常规水稻。
随着杂交水稻的应用推广，使单位面积产量得到提高并减少用种量；杂交水稻直播栽培技术就是省去传统的水稻栽培育秧过程，把经过浸种、催芽的稻种直接播到大田中，加以管理，使之成秧、分蘖一直到成熟的一种简化栽培方法。
