南京军事院校有6所，分别是中国人民解放军陆军指挥学院、中国人民解放军海军指挥学院、中国人民解放军陆军工程大学、中国人民解放军国防大学政治学院、中国人民解放军国防科技大学南京校区、中国人民解放军陆军炮兵防空兵学院南京校区。
中国人民解放军陆军指挥学院，位于江苏省南京市，前身是1953年1月10日成立的总高级步兵学校。1959年2月与军事学院合并。学院共拥有5个军事学博士学位授权一级学科（战略学、战术学、军队指挥学、军队政治工作学、军事训练学），8个军事学硕士学位授权一级学科（军事思想及军事历史、战略学、战役学、战术学、军队指挥学、军事管理学、军队政治工作学、军事训练学），2个军事硕士专业学位授权领域。
中国人民解放军海军指挥学院是海军最高学府，担负培养海军中高级指挥人才任务。中国人民解放军海军指挥学院建有图书馆、海军战役战术中心实验室、教育技术中心、研究生教育中心以及海军战役专业教室、海军合同战术专业教室、海军航空兵战术专业教室、东南沿海军情专修室、海军现代装备专修室、中国海军史馆等教学设施。
