培养方式不同，专业硕士：课程设置侧重实践，教学内容将理论和实践有机结合，采用理论讲授、案例分析、现场研究等多种方法教学，在具体的学习过程中，部分时间在实践，实践学分比重大于学术学位硕士。学术硕士：所学课程注重基础理论学习，学员毕业后具备从事科学研究创新工作的能力和素质。
招生专业不同，专业硕士：招生专业有针对性，有工商管理、公共管理、税务、国际商务等，共四十门左右。学术硕士：招生专业比较全，基本涵盖所有专业方向，适合不同工作领域的人学习。
课程学制不同，专业硕士：学制一般在2-3年之间，学员通过周末班或者集中班上课，不会影响工作。学术硕士：学制较长，一般为3年，具体情况依各招生单位当年政策为准。学员需要工作日学习，周末休息。
学位论文不同，专业硕士：论文必须强化应用导向，撰写形式多。鼓励采用调研报告、规划设计、产品开发、案例分析、文学艺术作品等多种形式去研究撰写。学术硕士：重在强调科学理论研究，要求原创学术创新，形式相对专业硕士的论文比较传统。
