1、工程项目前期审计，指对工程前期准备工作及施工管理的各项内控制度所开展的审计。2、工程施工过程审计，主要是围绕工程项目的成本效益情况所开展的审计。3、工程项目终结审计，主要侧重于对工程项目中的经济责任所开展的审计。
工程审计内容包括：
1、审查决算资料的完整性。
建设、施工等与建设项目相关的单位应提供的资料：
(1)经批准的可行性研究报告，初步设计、投资概算、设备清单；
(2)工程预算(投标报价)、结算书；
(3)同级财政审批的各年度财务决算报表及竣工财务决算报表；
(4)各年度下达的固定资产投资计划及调整计划；
(5)各种合同及协议书；
(6)已办理竣工验收的单项工程的竣工验收资料；
(7)施工图、竣工图和设计变更、现场签证，施工记录；
(8)建设项目设备、材料采购及入、出库资料；
(9)财务会计报表、会计帐簿、会计凭证及其他会计资料；
(10)工程项目交点清单及财产盘点移交清单；
(11)其他资料，如收尾工程、遗留问题等。
2、竣工财务决算报表和说明书完整性、真实性审计。
(1)大、中型建设项目财务决算报表如下：基本建设项目竣工决算审批表；大、中型建设项目竣工工程概况表；竣工工程财务决算表；交付使用资产总表；交付使用资产明细表。
(2)小型基建项目财务决算报表如下：竣工工程决算总表；交付使用资产明细表。
3、各项建设投资支出的真实性、合规性审计。
包括：建安工程投资审计；设备投资审计；待摊投资列支的审计；其他投资支出的审计；待核销基建支出的审计;转出投资审计。
4、建设工程竣工结算的真实性、合规性审计。
包括：约定的合同价款及合同价款调整内容以及索赔事项是否规范；工程设计变更价款调整事项是否约定；施工现场的造价控制是否真实合规；工程进度款结算与支付是否合规；工程造价咨询机构出具的工程结算文件是否真实合规。
5、概算执行情况审计。
包括：实际完成投资总额的真实合规性审计，概算总投资、投入实际金额、实际投资完成额的比较;分析超支或节余的原因。
6、交付使用资产真实性、完整性审计。
包括：是否符合交付使用条件；交接手续是否齐全；应交使用资产是不真实、完整。
7、结余资金及基建收入审计。
包括：结余资金管理是否规范，有无小金库；库存物资管理是否规范，数量、质量是否存在问题，库存材料价格是否真实；往来款项、债权债务是否清晰，是否存在转移挪用问题，债权债务清理是否及时；基建收入是否及时清算，来源是否核实，收入分配是否存在问题。
8、尾工工程审计。
包括：未完工程工程量的真实性和预留投资金额的真实性。
