百香果坏掉后，切开果子，可以闻到酒味，果肉黏成一团，很松软一撮就破，全果发霉。注意百香果有的皱果不代表是坏果，皱果是因为果壳水分蒸发而造成的，如果没有上述状况就代表百香果没有。表皮皱斑也不是坏果，因为百香果不喷洒任何农药，自然在山村生成，这些果吃起来更放心。还有，如果百香果的种子全部沉到水底，那么一定要尽快吃掉。
百香果应低温保存，气温高易爆炸。百香果是液态的，具备微生物发酵条件，当温度升高，微生物发酵产生气体，瓶内气体越多，压力越大，当瓶身不能承受瓶内百香果发酵的气体压力时，就会爆炸。不管是百香果还是百香果果酱，低温保存最佳。买到百香果后可以先放入冰箱冷藏，以免微生物发酵产生爆炸风险；纯天然百香果酱尽量在冷冻状态下保存，结成冰块后再拿出来解冻食用。
